Homer预测共表达基因的motif
Homer这个软件比较强大,主要做ChIP-Seq分析,除此之外,还可以做RNAseq以及microarray的分析,并且还可以计算共表达基因中的motif。
原文:http://homer.ucsd.edu/homer/motif/rnaMotifs.html
Analyzing Co-regulated Gene Lists for RNA motifs
主要用到homer中的findMotifs.pl
命令:
findMotifs.pl
可以分析基因的启动子,并寻找相对于其他启动子而言富含目标基因启动子的motif。即提供一个基因list的txt文件,例如受到某一处理上调的基因,特定于某种细胞类型的基因或出现在同一基因表达集合中的基因。
用法:findMotifs.pl downregulated.genes.txt human-mRNA MotifOutput/ -rna -len 8 3个需要设定的输入: A gene ID input file, the name of the promoter set (which is tied to an organism), and an output directory for all of the output files. 解释:输入文件downregulated.genes.txt为下调的gene list ,human-mRNA为promoter set,MotifOutput为输出文件夹 例子:
for sample in `ls *txt |cut -d '.' -f1`;do findMotifs.pl ${sample}.txt human ${sample}/ -start -400 -end 100 -len 8,10 -p 16 ;done
结果:
image.png
相应的promoter或者genome安装: 查看可以安装的文件:perl /path-to-homer/configureHomer.pl -list 安装或者卸载: "-install <package name>" or "-remove <package name>". 如: perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human 安装promoter则需要加“-p”,除此之外还有-o:organism -g genome perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human-p
参考:http://homer.ucsd.edu/homer/microarray/index.html
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