GDCRNATools内置的gdc-client不好用

下面是赵婧的分享

TCGA 数据下载

今天听完生信技能树的TCGA课程后，尝试完成课程作业，通过GDCRNATools下载TCGA数据的时候出现了以下的报错：

最开始我还以为是我的网络不好，折腾半天无果，便到群里向小伙伴求助。然后小洁老师@小洁忘了怎么分身 热心的指了一条明路——那就是这个包已经过期了，需要去官网下载gdc-client。那我们就动起来吧！

gdc-client软件安装和配置

1. 下载软件地址：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool，根据自己的操作系统下载对应的版本，这里下载Mac版本。

1. 将下载的软件解压，并放在一个自己好找的目录，例如我放在了Documents/TCGA数据下载中

下载数据

1. 在GDC官网：https://portal.gdc.cancer.gov 中找到自己所需要的数据，比如HNSC的miRNA数据。然后下载Manifest到刚刚软件放置的目录
2. 先点击Exploration，然后在左侧选取需要的癌症类型和项目，选好后点击View Files in Repository

1. 然后就会跳转到Repository页面，可以在这里进一步筛选所需要的数据。选择好之后点击Add All Files to Cart， 然后可以在右上角的cart中看到添加了多少个文件。如果不要下载其他的数据了，就可以直接点击Manifest，下载到Documents/TCGA数据下载中。

1. 然后打开终端，在终端输入./gdc-client download -m gdc_manifest.2020-08-11.txt -d ./HNSC/ 就开始下载啦~

就完美解决了问题， 其实生信技能树以前也分享过，但是如果没有这次课程，讲师和助教们的悉心指导，真的很难在知识的海洋里面遨游！