报错坑 | LDSC安装报错怎么解决？

做一项分析之前，我们首先要做的就是安装软件、配置环境，但很多时候，我们往往会遇到各种奇奇怪怪的报错，卡在这一环节上。"报错坑"这个专题会搜集一些我们平时安装软件过程中的"疑难杂症"，帮助大家踢开一个又一个绊脚石。

今天我们来聊聊LDSC这个软件的安装问题。

LDSC主要被用来从GWAS结果中估算遗传力和遗传相关性，计算LD Score。

## 安装过程
git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc
conda env create --file environment.yml
source activate ldsc

需要注意的是，一定要使用conda去配置LDSC所需的环境，因为其依赖的模块比较多，如果一个一个手动安装的话，比较费时间。

配置好环境后，还需注意，LDSC需使用python2运行。

## 运行LDSC
./ldsc.py -h

这时我们会发现上述报错。这是因为LDSC提供的环境文件里，numpy的版本需要更新。

## 更新numpy
pip install --upgrade numpy==1.16.0

问题解决。

如果大家在软件安装过程中遇到什么奇奇怪怪的报错，可以在后台留言~

参考资料：

https://github.com/bulik/ldsc/issues/173