Linux基础入门 | 服务器集群使用指南

上一次，小编把常用的Linux命令做了分享。但是，我们进行生物信息学分析时，往往需要在高性能服务器集群上投递任务。这就需要我们掌握基本的服务器集群操作方法。

使用高性能服务器集群时，需要通过ssh远程登录，在Windows下有很多软件可以通过ssh连接Linux主机，如Xshell、Putty等等……在这里小编推荐使用Xshell，大家可以使用学校邮箱在官网申请使用教育版。

申请地址：

https://www.netsarang.com/zh/free-for-home-school/

填好信息以后，邮箱会收到一封邮件，点击链接下载Xshell和Xftp，安装软件。

安装好以后打开软件，点击“新建”，创建一个新的会话。

在“主机”处输入服务器的IP地址。

点击“用户身份验证”，输入用户名和密码，就可以登录服务器啦！

需要注意的是，我们是远程登录服务器，如果你的连接断开的话，在Xshell里执行的命令是会终止的！！！

为了避免我们执行的命令由于连接断开而终止，我们在执行命令时可以使用“ nohup ”命令。

## 输入命令
nohup command &
## 退出终端
exit

这样，我们就把任务提交到了后台，重新登录服务器以后，就会看到提交命令的目录下多了一个"nohup.out"文件，运行日志都记录在里面。点击“Xftp”的图标，就可以把输出文件下载到我们的电脑里。

我们使用的服务器集群大都由登录节点和计算节点组成。登录节点用来执行简单的Linux命令，不能执行资源消耗大的任务，这时我们就需要将任务由登录节点投递至计算节点。在这里，小编教大家如何使用集群管理系统SGE（Sun Grid Engine）投递任务。

（注意：不同单位的服务器集群管理系统可能不同！系统不同命令也不同！具体可咨询服务器管理员！）

我们首先使用SGE在登录节点投递任务，SGE接收到任务后会将任务储存至一个指定区域，随后将任务投递至一个计算节点上运行，运行结束后将结果返回。这样我们在登录节点投递任务后，就可以关掉电脑做其他事，SGE会把我们的任务安排在计算节点里执行。

## 投递任务
qsub -cwd -l vf=*G,p=n,h=node -q queue *.sh

-cwd：使用当前工作目录，SGE的运行日志会输出在当前目录。

-l：申请所需的资源。vf=*G设置任务预计使用的内存大小（一般设置的值要稍微大一些，否则容易让计算节点挂掉），p=n设置所需的CPU数，h=node指定任务投递的节点名称。日常使用时，并不是每次都要设置这三个参数，大家可以根据自己的需要自行删减。

-q：指定任务投递的队列名称。

*.sh：需要投递的任务，建议在脚本前加上完整路径。

输入这条命令后，我们的任务就投递到服务器上啦！

任务投递成功后，我们可以使用" qstat "查看任务的状态。

## 查看任务状态
qstat
## 查看指定任务状态
qstat -j job-ID
## 删除指定任务
qdel job-ID
## 查看计算节点信息
qhost

job-ID：任务号

state：任务状态。一般会有以下几种情况，"qw"代表任务在等待执行，"r"代表任务正在执行，"s"代表任务暂时挂起，"dr"代表任务所在的计算节点挂了，需要联系管理员重启节点。任务还有其他状态，大家遇到时可以查询一下。

queue：任务所在的队列及计算节点。

最后再教给大家一个命令" qhost "，使用该命令可以查看计算节点的资源状况，方便我们选择任务投递的队列和节点。

SGE还有非常多的指令，具体需要时，大家可以在网上查询。

学会了这些，再也不用担心服务器管理员封你号啦！

参考资料：

http://www.it.uu.se/datordrift/maskinpark/albireo/gridengine.html#manuals

https://www.jianshu.com/p/b7b540a3c015