SRA toolkit下载数据
时间:2022-07-25
本文章向大家介绍SRA toolkit下载数据,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
1.sra toolkit 的安装
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
#添加环境变量
echo 'export export PATH=$PATH:/yourpath/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc
2.查看prefetch是否成功安装
prefetch -h
3.数据下载
#单个数据
prefetch SRR000001
#多个数据:Run in the list of Runs:
prefetch --option-file SraAccList.txt
SraAccList.txt looks like this: SRR11192680 SRR11192681 SRR11192682 SRR11192683 SRR11192684
4.SRA format to fastq
fasterq-dump --split-files SRR11180057.sra
fasterq-dump --split-files SRR11180057
#直接下载原始的fastq
prefetch --type fastq SRR11180057
参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sradownload/
- Discuz!X ≤3.4 任意文件删除漏洞分析
- 从学习 Paddle 开始学习深度学习
- 使用ffpython嵌入和扩展python
- FFLIB之FFLUA——C++嵌入Lua&扩展Lua利器
- Python之匿名函数
- H2Engine游戏服务器设计之属性管理器
- linux epoll 开发指南-【ffrpc源码解析】
- Python之递归函数
- 你不得不会的MarkDown
- 状态机的实现探讨
- Docker入门实战(二)——Docker镜像操作
- 使用强大的 Mockito 来测试你的代码
- java学习手册-CentOS 6.3(x86_32)下安装Oracle 10g R2
- Docker入门实战(三)——用Dockerfile构建镜像
- JavaScript 教程
- JavaScript 编辑工具
- JavaScript 与HTML
- JavaScript 与Java
- JavaScript 数据结构
- JavaScript 基本数据类型
- JavaScript 特殊数据类型
- JavaScript 运算符
- JavaScript typeof 运算符
- JavaScript 表达式
- JavaScript 类型转换
- JavaScript 基本语法
- JavaScript 注释
- Javascript 基本处理流程
- Javascript 选择结构
- Javascript if 语句
- Javascript if 语句的嵌套
- Javascript switch 语句
- Javascript 循环结构
- Javascript 循环结构实例
- Javascript 跳转语句
- Javascript 控制语句总结
- Javascript 函数介绍
- Javascript 函数的定义
- Javascript 函数调用
- Javascript 几种特殊的函数
- JavaScript 内置函数简介
- Javascript eval() 函数
- Javascript isFinite() 函数
- Javascript isNaN() 函数
- parseInt() 与 parseFloat()
- escape() 与 unescape()
- Javascript 字符串介绍
- Javascript length属性
- javascript 字符串函数
- Javascript 日期对象简介
- Javascript 日期对象用途
- Date 对象属性和方法
- Javascript 数组是什么
- Javascript 创建数组
- Javascript 数组赋值与取值
- Javascript 数组属性和方法