10X genomics bam文件的格式
samtools view -@ 8 possorted_genome_bam.bam |head
Line |
Tag |
Description |
Example |
---|---|---|---|
1 |
NA |
Query name |
A00682:284:HYVYMDSXX:4:1219:23954:12164 |
2 |
NA |
Flag |
0 |
3 |
NA |
Reference name |
1 |
4 |
NA |
Position |
12434 |
5 |
NA |
Mapping quality |
255 |
6 |
NA |
Cigar string |
130M286409N20M |
7 |
NA |
Reference name of mate |
* |
8 |
NA |
Position of mate |
0 |
9 |
NA |
Template length |
0 |
10 |
NA |
Sequence |
CTCCAAAGA....ATCAAAAAAAAAAAAAA |
11 |
NA |
Sequence quality |
FFFFFFFFFFFFFFFFFF.... |
12 |
NH |
Number of reported alignments for query |
NH:i:1 |
13 |
HI |
Query hit index |
HI:i:1 |
14 |
AS |
Alignment score |
AS:i:135 |
15 |
nM |
Number of mismatches per pair |
nM:i:5 |
16 |
RE |
Region type (E = exonic, N = intronic, I = intergenic) |
RE:A:I |
17 |
BC |
Sample index read |
BC:Z:TCGCCAGC |
18 |
QT |
Sample index read quality |
QT:Z:FFFFFFFF |
19 |
CR |
Cell barcode |
CR:Z:GCGTGCACATAGAAAC |
20 |
CY |
Cell barcode read quality |
CY:Z:FFFF:FFFFFF,FFFF |
21 |
CB |
Cell barcode that is error-corrected and confirmed against a list of known-good barcode sequences |
CB:Z:GCGTGCACATAGAAAC-1 |
22 |
UR |
Unique Molecular Identifier (UMI) |
UR:Z:CGCTCACGCATA |
23 |
UY |
UMI read quality |
UY:Z::FFFFFFFFFFF |
24 |
UB |
UMI that is error-corrected among other molecular barcodes with the same cellular barcode and gene alignment |
UB:Z:CGCTCACGCATA |
25 |
RG |
Read group |
RG:Z:Day1:0:1:HWJ5VDSXX:4 |
参考: https://davetang.org/muse/2018/06/06/10x-single-cell-bam-files/ https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/output/bam
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