linux服务器搭建之路15-常用医学图像处理软件的安装

作为一个医学图像研究僧，怎么能不会各种医学图像处理软件的安装，今天记录一下这些软件的安装过程，很简单。这些软件包括spm,FSL,freesurfer等。

1. FSL

1.1 安装

去官网注册一下，并下载fslinstall.py文件，：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/Linux 安装命令：

python fslinstaller.py

其中可以选择参数： -d specify folder to install FSL into (without ‘fsl’), e.g. /usr/local -e only configure your account for running FSL -E configure FSL for all users (Linux) -v print installer version number and exit -c check for updated versions of FSL -l list versions of FSL available for download

-V install specified version number e.g. 5.0.10 -s download the source code for the current, or specified version of FSL -F download the FEEDS data set for the current, or specified version of FSL -q silence all messages -p skip environment setup -D switch on debug messages - use this option to generate logging that can be included when requesting installation support

需要注意的是： -l 可以看可以安装的版本，-V指定版本， -d指定路径，路径需要有可写入权限。需要很长的时间等待，完成之后添加环境变量。

vim ~/.bashrc

添加：

# FSL
export FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin

重新登录或者source一下生效。

1.2 验证

FSL依赖python版本为Python2，一定要将系统的默认版本设置为python2

  flirt -version

如果安装成功：

 FLIRT version 6.0

可能会报错：

libopenblas.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

1.3 错误解决

安装openblas就可以解决1.2 中的错误下载地址： https://github.com/xianyi/OpenBLAS/releases 下载后解压：

tar -zxvf OpenBLAS*

进入目录后：

sudo make PREFIX=/usr/local/blas
sudo make install

在lib64里建立软连接：

sudo ln -s  /usr/local/blas/libopenblas_haswellp-r0.2.20.so /usr/lib64/libopenblas.so.0

之后就可以了

2. Freesurfer

2.1 安装

安装包下载地址：http://www.freesurfer.net/fswiki/DownloadAndInstall 安装命令：

tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

-C后面是安装位置

2.2 添加环境变量

vim ~/.bashrc

添加：

# freesurfer
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
FS_FREESURFERENV_NO_OUTPUT=1
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

第二句是为了设置每次登陆的时候不输出freesurfer的环境变量。

2.3 安装响应的库文件

ldd /usr/local/freesurfer/tktools/tksurfer.bin

缺什么，，补什么。亲测图中没有的三个不是必须的。

2.4 报错处理

libGLU找不到错误信息：/usr/local/freesurfer/tktools/tkregister2.bin: error while loading shared libraries: libGLU.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory 解决办法：安装一下libGLU

# yum whatprovides libGLU.so.1

Loaded plugins: fastestmirror, ovl Loading mirror speeds from cached hostfile

base: repos-va.psychz.net
epel: mirrors.mit.edu
extras: mirrors.rit.edu
updates: mirror.wdc1.us.leaseweb.net mesa-libGLU-9.0.0-4.el7.i686 : Mesa libGLU library Repo : base Matched from: Provides : libGLU.so.1

yum install mesa-libGLU-9.0.0-4.el7.i686

建立连接一下：

sudo ln -s /usr/lib/libGLU.so.1 /usr/bin/libGLU.so.1

libnetcdf.so.6找不到解决办法：

yum install netcdf

装完要链接一下到cdf6.0

ln -s /usr/lib64/libnetcdf.so.7 /usr/bin/libnetcdf.so.6

error while loading shared libraries: libXss.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

解决办法：sudo yum install libXScrnSaver

3. AFNI

3.1 安装

centos7版本下载：

wget https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/tgz/linux_centos_7_64.tgz

其他版本下载： https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/download_links.html

下载后解压到安装目录，并添加环境变量：

tar -zxvf inux_centos_7_64.tgz

复制文件到安装位置

cd inux_centos_7_64
sudo cp -r * /usr/local/afni

vim ~/.bashrc:

# AFNI
export AFNI_DIR=/usr/local/afni
export PATH=$PATH:$AFNI_DIR

3.2 验证

重新加载环境变量后输入：afni

界面很不好看啊

3.3 报错信息

错误代码

afni: error while loading shared libraries: libXm.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory

解决方案

sudo yum install  libXp
sudo yum install openmotif