可视化你的BLAST结果
人类已经使用数据可视化技术很长一段时间了,图像和图表已被证明是一种有效的方法来进行新信息的传达与教学。有研究表明,80%的人还记得他们所看到的,但只有20%的人记得他们阅读的。我们做本地中运行BLAST后,往往会得到以文字形式的BLAST结果。如果我们需要查看比对的确切结果,这会给我们带来一定的烦恼。今天给大家介绍一个网页based的可视化BLAST结果的小工具:Kablammo简介Kablammo可以让你您从Web浏览器创建BLAST结果,并进行交互式可视化。并且你不需要安装任何软件。简而言之,你只需要找到你最感兴趣的比对结果,然后就可以导出一个已经发布就绪的矢量图像。听起来是不是很吸引人,下面我将会带领大家学习一下如何使用这个powerful的小工具。实例操作
BLAST的一些基本参数
首先,先介绍一下BLAST结果里面一些名称。Query就是一段你所感兴趣的DNA或者RNA序列,用以搜索的目标序列。(例子,某些生物的基因序列)。
然后是Subjects,每一个query都会有一个或者多个从BLAST数据库所匹配到的subjects。
然后在每一个query-subject的配对中,至少会有一个或者多个的比对。该比对,是经过BLAST的算法后得出的,query至少会有部分序列比对到subjects的序列上。如上图,在query和subjects中,就有两段能够比对上的片段。
可视化BLAST的结果接着就是重头戏,如何进行可视化BLAST的结果。首先,你可以移动鼠标,然后点击到其中一段的比对。这时候你可以看到一系列,比对结果的结果参数,例如E value,Bit score, Querry和subjects的起始于结束的位置。接着,你可以点击view alignment去看具体比对的情况,如下图。
比对上的结果的碱基颜色都一一对应,然后没有比对上,gap的部分就是红色表示。
然后,该小工具还提供了一些小的功能,加入你对query序列中3.5kb的位置特别感兴趣。你还可以通过鼠标的滑轮,放大图中query的位置,然后你可以通过刚刚view alignment的按钮,具体看到你所感兴趣片段的比对情况。
假如,你发现了你所感兴趣的序列的位置,你还可以将该可视化得到的图片保存为SVG或者PNG格式的图片。如何可视化我自己的数据
今天介绍就到这,这款小工具对大家有帮助。
- 09-移动端开发教程-Sass入门
- 开发者的如何优雅的使用OSX
- Solidity 智能合约开发语言·数据类型
- 以太坊·Rinkeby 测试网络
- TensorFlow强化学习入门(0)——Q-Learning的查找表实现和神经网络实现
- 【云端架构】网站运维之CDN链接鉴权示例入门(PHP)
- 以太坊·单机多实例演示
- TensorFlow强化学习入门(1)——双臂赌博机
- CTF逆向--.NET与Python篇
- CTF逆向--安卓篇
- hackme.inndy.tw的19道web题解(下)
- hackme.inndy.tw的19道web题解(中)
- hackme.inndy.tw的19道web题解(上)
- CTF中RSA题型解题思路及技巧
- JavaScript 教程
- JavaScript 编辑工具
- JavaScript 与HTML
- JavaScript 与Java
- JavaScript 数据结构
- JavaScript 基本数据类型
- JavaScript 特殊数据类型
- JavaScript 运算符
- JavaScript typeof 运算符
- JavaScript 表达式
- JavaScript 类型转换
- JavaScript 基本语法
- JavaScript 注释
- Javascript 基本处理流程
- Javascript 选择结构
- Javascript if 语句
- Javascript if 语句的嵌套
- Javascript switch 语句
- Javascript 循环结构
- Javascript 循环结构实例
- Javascript 跳转语句
- Javascript 控制语句总结
- Javascript 函数介绍
- Javascript 函数的定义
- Javascript 函数调用
- Javascript 几种特殊的函数
- JavaScript 内置函数简介
- Javascript eval() 函数
- Javascript isFinite() 函数
- Javascript isNaN() 函数
- parseInt() 与 parseFloat()
- escape() 与 unescape()
- Javascript 字符串介绍
- Javascript length属性
- javascript 字符串函数
- Javascript 日期对象简介
- Javascript 日期对象用途
- Date 对象属性和方法
- Javascript 数组是什么
- Javascript 创建数组
- Javascript 数组赋值与取值
- Javascript 数组属性和方法
- Cypress系列(65)- 测试运行失败自动重试
- CentOS7下编译FFMPEG源代码
- Android 的 Presentation 双屏异显,遇到的问题总结
- 音视频相关开发库和资料
- Flink深入浅出: 应用部署与原理图解(v1.11)
- 用 Github Actions 在 K8S 中运行 CI 测试
- 线程池的拒绝策略
- 15 张图带你深入理解浮点数
- 用Python实现坦克大战游戏 | 干货贴
- hexo搭建个人网站博客完全教程
- 快速入门 Python 数据库操作
- Shell脚本管道符与重定向
- 偿还技术债(3)-ARouter源码详解
- 偿还技术债(4)-ARouter自己实现一个?
- 偿还技术债(5)-LeakCanary源码详解