Conda | 轻松安装生信工具

最近有很多朋友问我生信工具安装的问题，对于初学者来说，工具安装是一个非常头疼的问题。不同的工具用不同的语言编写，有的解压后直接就可以用，有的还要编译，涉及到各种依赖关系。今天小编教大家如何使用conda安装生信工具。

Conda其实就是一个开源的软件包和环境管理系统，可以帮助我们解决软件安装过程中的各种问题。

首先，我们需要下载Miniconda3 （https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh）。

## 安装conda
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

一路"enter"加"yes"，最后出现以下界面就代表conda安装好啦！

## 更新环境变量
source ~/.bashrc

这时我们可以发现，我们的账号前多了一个"(base)"。

安装好conda以后我们还需要更改conda的镜像地址，改成国内源，实现快速下载。

一般推荐清华大学源或者中科大源。

## 设置清华大学源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
## 设置中科大源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
## 查看镜像地址是否设置成功
cat ~/.condarc

设置好镜像地址后，我们就可以新建一个环境啦！

## 创建环境
conda create -n bioinfo
## 进入环境
source activate bioinfo
## 退出环境
conda deactivate
## 删除环境
conda env remove --name bioinfo

新建一个"bioinfo"环境，进入后就可以看到账号前的"(base)"变为了"(bioinfo)"。

在这个环境里，大家可以使用以下命令安装软件。

如，我想安装"hisat2"。

## 安装软件
conda install hisat2
## 更新软件
conda update hisat2
## 卸载软件
conda uninstall hisat2
## 查看已装软件列表
conda list

安装R包的方法也很简单，"r-"后加R包的名字。

## 安装R包"pheatmap"
conda install r-pheatmap

有时候我们直接输入软件的名字，conda可能会搜索不到。

这时可以去 https://anaconda.org/ 搜索一下。

选择你要安装的软件。

按照网页上的命令安装。

有了conda，以后再也不用担心软件安装的问题啦！

最后，小编还要强调一下，conda中每个环境都是独立的，也就是说A环境下安装的软件B环境下是不能调用的，这点小伙伴们要特别注意呀！

另外，装完conda以后，大家会发现每次开机后账户前都会有"(base)"出现，如果不想每次都自动激活conda环境，可以使用下面的命令：

## 取消自动激活conda环境
conda config --set auto_activate_base false
## 恢复自动激活conda环境
conda config --set auto_activate_base true

参考资料：

https://docs.anaconda.com/anaconda-cloud/user-guide/

conda管理生信软件一文就够