clusterProfiler到底有多难安装呢

R语言对临床医师/医学生来说已经是最容易学的编程语言了，相比起C语言，python，java，PHP来说。可能把大多数人挡在门外的就是R包安装了，因为我们之所以会选择R语言，就是因为它丰富的第三方包，可以不费吹灰之力实现大量的统计可视化。

但是最近频繁看到粉丝留言表明安装clusterProfiler包失败，这个clusterProfiler是大名鼎鼎的Y叔开发，基本上是每个做生物信息学数据分析的人都会使用它的，做超几何分布检验（富集分析），而且内置了很多数据库，好用的函数。

但是它依赖的包有点多，所以总是会安装失败，譬如下面的报错：

而且还取决于你的操作系统，如果是Windows或者Mac，基本上看：Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢 以及【紧急通知】下载R包却联网失败？初学者的痛，就能解决了。

其实本质上还是联网的问题，缺什么包就安装它即可。使用下面的代码：

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.cloud.tencent.com/CRAN/")) 
options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')

BiocManager::install("miRNAtap",ask = F,update = F)
BiocManager::install("topGO",ask = F,update = F)
BiocManager::install("miRNAtap.db",ask = F,update = F)

但是在ubuntu等Linux系统上面，有时候就需要系统库文件迭代更新了，比如下面的报错；

* DONE (DOSE)
ERROR: dependency ‘europepmc’ is not available for package ‘enrichplot’
* removing ‘/opt/R/3.6.3/lib/R/library/enrichplot’
ERROR: dependency ‘enrichplot’ is not available for package ‘clusterProfiler’
* removing ‘/opt/R/3.6.3/lib/R/library/clusterProfiler’

所以通常我们不建议大家使用ubuntu等Linux系统来操作R语言代码，各种花式报错：

ERROR: dependencies ‘httr’, ‘xml2’ are not available for package ‘GEOquery’
* removing ‘/opt/R/3.6.3/lib/R/library/GEOquery’