如何优雅的统计基因外显子长度
时间:2022-07-23
本文章向大家介绍如何优雅的统计基因外显子长度,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
小编最近在统计基因组内每个基因的外显子长度,原以为非常简单,直接查找外显子的位置计算就可以,但写脚本的时候才发现非常麻烦。因为基因组中很多外显子区域是重合的,粗暴的将每个外显子的长度加在一起是不对的,这时我们可以使用R包"GenomicFeatures "去除外显子重叠的部分,优雅的统计每个基因的外显子长度。
## 安装R包"GenomicFeatures"
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GenomicFeatures")
## 加载R包
library("GenomicFeatures")
## 导入gff3文件
txdb <- makeTxDbFromGFF("genome.gff3",format="gff3")
## 获取外显子位置
exons_gene <- exonsBy(txdb, by = "gene")
## 去除外显子重叠部分,计算外显子长度
exons_gene_len <- lapply(exons_gene,function(x){sum(width(reduce(x)))})
简单几步,我们就可以准确地计算出每个基因的外显子长度啦!
"GenomicFeatures "还有非常多的功能,如提取基因的启动子序列、获得基因内含子的长度等等,大家可以查看它的manual,学习更多的用法!
本文R语言代码引自:
http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/342/ 作者: Kai
参考资料:
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/GenomicFeatures.pdf
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