根据barcode过滤bam文件
时间:2022-07-23
本文章向大家介绍根据barcode过滤bam文件,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
10x 单细胞产生的BAM文件可以根据所需的barcode进行过滤。首先,将所需的cell barcode条形码放入 filter.txt中。并在barcode前面加上CB:Z:
,以确保专门过滤BAM文件中的该标记,格式如下所示:
其次,将$ BAM_FILE设置为要过滤的BAM文件的位置及名称。例如,如果BAM文件被命名为“ possorted_genome_bam.bam ” ,则使用以下命令。
export BAM_FILE='/your path /possorted_genome_bam.bam'
# Save the header lines
samtools view -@ 16 -H $BAM_FILE > SAM_header
# Filter alignments using filter.txt. Use LC_ALL=C to set C locale instead of UTF-8
samtools view -@ 16 $BAM_FILE | LC_ALL=C grep -F -f filter.txt > filtered_SAM_body
# Combine header and body
cat SAM_header filtered_SAM_body > filtered.sam
# Convert filtered.sam to BAM format
samtools view -@ 16 -b filtered.sam > filtered.bam
- 大数据学习之路(持续更新中...)
- 如何养成良好的c++编程习惯(1)——内存管理
- 使用jOrgChart插件实现组织架构图的展示
- Spark源码分析 之 Driver和Excutor是怎么跑起来的?(2.2.0版本)
- webpack入门——webpack的安装与使用
- Portal-Basic Java Web应用开发框架V3.0正式发布(源码、实例及文档)
- ELK5.0安装教程
- 替换空格
- JavaScript实现段落文本高亮
- 原生js实现简单移动端轮播图
- html5页面实现点击复制功能
- python生成式
- Elasticsearch——分词器对String的作用
- AR改变生活:远程AR辅助应用程序可以解决更多现实问题
- JavaScript 教程
- JavaScript 编辑工具
- JavaScript 与HTML
- JavaScript 与Java
- JavaScript 数据结构
- JavaScript 基本数据类型
- JavaScript 特殊数据类型
- JavaScript 运算符
- JavaScript typeof 运算符
- JavaScript 表达式
- JavaScript 类型转换
- JavaScript 基本语法
- JavaScript 注释
- Javascript 基本处理流程
- Javascript 选择结构
- Javascript if 语句
- Javascript if 语句的嵌套
- Javascript switch 语句
- Javascript 循环结构
- Javascript 循环结构实例
- Javascript 跳转语句
- Javascript 控制语句总结
- Javascript 函数介绍
- Javascript 函数的定义
- Javascript 函数调用
- Javascript 几种特殊的函数
- JavaScript 内置函数简介
- Javascript eval() 函数
- Javascript isFinite() 函数
- Javascript isNaN() 函数
- parseInt() 与 parseFloat()
- escape() 与 unescape()
- Javascript 字符串介绍
- Javascript length属性
- javascript 字符串函数
- Javascript 日期对象简介
- Javascript 日期对象用途
- Date 对象属性和方法
- Javascript 数组是什么
- Javascript 创建数组
- Javascript 数组赋值与取值
- Javascript 数组属性和方法