# 载入包

rm(list=ls())
library(ggplot2)
library(patchwork)
# 设置主题
theme_set(
  theme_classic() +
    theme(legend.position = "top")
  )
# 参数
data("ToothGrowth")
df <- ToothGrowth
# dose 分组，维生素C的剂量
# len目标变量，牙齿长度
df$dose <- as.factor(df$dose)


# 绘图

# 默认绘图
p=ggplot(df, aes(x = dose, y = len))

p1 <- p+geom_boxplot()

# 添加缺口设计
p2 <- p + geom_boxplot(notch = TRUE, fill = "lightgray")+
  # 添加均值点
  stat_summary(fun= mean, geom = "point",
               shape = 18, size = 2.5, color = "#FC4E07")

#将图1和图2放在一起查看
p1+p2

# 对于维生素剂量也可以更改显示顺序
# 通过scale_x_discrete()
p3 <- p + geom_boxplot() +
  # 只显示0.5和2
  scale_x_discrete(limits=c("0.5", "2"))

# 更改分组的显示顺序为2,0.5,1
p4 <- p + geom_boxplot() +
  scale_x_discrete(limits=c("2", "0.5", "1"))

p3+p4

## Warning: Removed 20 rows containing missing values (stat_boxplot).

# 更改颜色
# scale_color_manual()
# scale_fill_manual()

# 先根据分组设置颜色
p5 <- p + geom_boxplot(aes(color = dose))+
  # 通过这个函数自定义颜色配置
  scale_color_manual(values = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))

# 更改填充的颜色
p6 <- p + geom_boxplot(aes(fill = dose)) +
  scale_fill_manual(values = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))
# 对于color更改的是线的颜色，对于fill更改的是填充的颜色
p5+p6

# 多组箱式图绘制

p7 <- p +
  # 这里对填充使用的supp变量
  # position_dodge设置组之间的距离
  geom_boxplot(aes(fill = supp), position = position_dodge(0.9) ) +
  scale_fill_manual(values = c("#999999", "#E69F00"))
p7

# 分面展示
p8 <- p7 + facet_wrap(~supp)
p8