R语言绘图 | 给箱线图加个点
时间:2022-07-23
本文章向大家介绍R语言绘图 | 给箱线图加个点,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
箱线图是我们展示数据时常用的一种统计图形。但是箱线图有时候并不能很好的展示数据的离差,目前已经不被许多高水平的杂志接受了。在这里,小编教大家在箱线图上加点,更好的展示数据分布。
ggpubr是一个广泛应用于学术绘图的R包,可以让我们轻松绘制出用于发表的高质量图形。
## 安装R包
install.packages("ggpubr")
## 加载R包
library("ggpubr")
## 导入数据
traits <- read.table("input.txt",header=T,sep="t")
## 绘制箱线图
p <- ggboxplot(traits, x="Type", y="Traits",color="Type",palette=c("#00AFBB","#E7B800","#FC4E07"),add="jitter",shape="Type")
p
简单输入几行代码,带点的箱线图就绘制好啦!
如果你想将组间差异显著性检验结果标在图上的话,可以用以下代码:
## 输入进行差异显著性检验的组
groups <- list(c("A","B"),c("B","C"),c("A","C"))
## 在图中加入差异显著性检验结果
p + stat_compare_means(comparisons=groups,method="t.test",label="p.signif")
图中的ns表示P值>0.05,*表示0.01<P值≤0.05,**表示0.001<P值≤0.01,***表示0.0001<P值≤0.001,****表示P值≤0.0001。如果你想换种显著性检验方式的话,可以在method后更改,如method="wilcox.test"。
参考资料:
https://www.jianshu.com/p/5d541e44bb5c
https://cran.r-project.org/web/packages/ggpubr/ggpubr.pdf
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