样本相关性分析
时间:2022-07-25
本文章向大家介绍样本相关性分析,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
使用corrplot包分析,使用RPKM值
> # <样本相关性>
> ## 1.如果不存在corrplot就安装这个包
> if (!requireNamespace('corrplot', quietly = TRUE))
+ install.packages('corrplot')
> library('corrplot') #加载corrplot包用于绘制相关性矩阵热图
>
>
> p<-file.choose()
>
>
> fpkm <- read.table(p, header = T, row.names = 1) #header=T,第一行指定为列名,row.names=1指定第一列为行名
>
>
> corr <- cor(fpkm, method = 'spearman') #cor函数计算两两样本(列与列)之间的相关系数
>
> pdf('./sample_correlation.pdf', width = 8, height = 8) #打开绘图设备,保存为pdf文件
>
> corrplot(corr, method="shade",type = 'upper', tl.col = 'black', hclust.method="median",order = 'hclust', cl.pos="r",tl.srt = 45, addCoef.col = 'white',diag=F)
> # type='upper':只显示右上角相关系数矩阵
> # cl.pos=r:图例的颜色条码在右边显示
> # tl.col='black':字体颜色黑色
> # order='hclust':使用层次聚类算法
> # tl.srt = 45:x轴标签倾斜45度
> # addCoef.col='white':添加相关系数数值,颜色白色
> #method:相关图显示方式吗,默认为circle
> dev.off() #配合pdf()使用,关闭绘图设备
- Struts2【整合Spring】
- Struts2【开发Action】
- 算法07 五大查找之:索引查找
- Struts2【拦截器】
- 算法08 五大查找之:二叉排序树(BSTree)
- Struts2【UI标签、数据回显、资源国际化】
- mybatis-plus思维导图,让mybatis-plus不再难懂
- 10(01)总结形式参数,包,修饰符,内部类
- Java的参数传递是值传递还是引用传递
- 通过shell脚本来得到不稳定的执行计划(r4笔记第40天)
- Struts2【OGNL、ValueStack】
- 如何用Python爬虫实现图片自动下载?
- Hibernate【查询详解、连接池、逆向工程】
- Hibernate【缓存】知识要点
- JavaScript 教程
- JavaScript 编辑工具
- JavaScript 与HTML
- JavaScript 与Java
- JavaScript 数据结构
- JavaScript 基本数据类型
- JavaScript 特殊数据类型
- JavaScript 运算符
- JavaScript typeof 运算符
- JavaScript 表达式
- JavaScript 类型转换
- JavaScript 基本语法
- JavaScript 注释
- Javascript 基本处理流程
- Javascript 选择结构
- Javascript if 语句
- Javascript if 语句的嵌套
- Javascript switch 语句
- Javascript 循环结构
- Javascript 循环结构实例
- Javascript 跳转语句
- Javascript 控制语句总结
- Javascript 函数介绍
- Javascript 函数的定义
- Javascript 函数调用
- Javascript 几种特殊的函数
- JavaScript 内置函数简介
- Javascript eval() 函数
- Javascript isFinite() 函数
- Javascript isNaN() 函数
- parseInt() 与 parseFloat()
- escape() 与 unescape()
- Javascript 字符串介绍
- Javascript length属性
- javascript 字符串函数
- Javascript 日期对象简介
- Javascript 日期对象用途
- Date 对象属性和方法
- Javascript 数组是什么
- Javascript 创建数组
- Javascript 数组赋值与取值
- Javascript 数组属性和方法