R绘制流程图

sunqi

2020/7/23

R 概述

这个包是为了快速建立meta分析的流程图，目标是符合prism发表的要求

需要的参数：

Pub.ID: 文章id
Source: 文章来源，如pubmed等标记
Filter: 排除文章的原因，或者不排除

go

安装

# install.packages("prismadiagramR")
library(prismadiagramR)
library(dplyr)

进行一个简单的例子

rm(list=ls())
set.seed(25)
N <- 100
studyStatus <- data.frame(Pub.ID = seq(1:N),
                          # sample为随机取样
                          Source = sample(letters[1:3], N, replace = TRUE),
                          Filter = sample(letters[1:5], N, replace = TRUE))
# 建立的数据集，包含100个例子
head(studyStatus)

##   Pub.ID Source Filter
## 1      1      c      a
## 2      2      a      d
## 3      3      a      e
## 4      4      a      d
## 5      5      a      e
## 6      6      b      a

#把e替换为NA，也就是不排除的文章
studyStatus$Filter[studyStatus$Filter=="e"] <- NA
#绘制流程图
getPrisma(studyStatus) %>% DiagrammeR::grViz(.)

Source: a(N=38)Studies Remaining:(N=76)Source: b(N=32)Source: c(N=30)Filter: a(N=24)Filter: b(N=14)Filter: c(N=27)Filter: d(N=17)Studies Remaining:(N=62)Studies Remaining:(N=35)Studies Remaining:(N=18)Studies in Analysis(N=18)

# 对排除的顺序和文章来源进行调整
studyStatus$Source <- ordered(studyStatus$Source , levels = c("c", "b", "a"))
studyStatus$Filter <- ordered(studyStatus$Filter , levels = c("d", "c", "b", "a"))

getPrisma(studyStatus) %>% DiagrammeR::grViz(.)

Source: c(N=30)Studies Remaining:(N=83)Source: b(N=32)Source: a(N=38)Filter: d(N=17)Filter: c(N=27)Filter: b(N=14)Filter: a(N=24)Studies Remaining:(N=56)Studies Remaining:(N=42)Studies Remaining:(N=18)Studies in Analysis(N=18)

自定义输出

查看需要的格式

prismaFormat <- getPrismaFormat(studyStatus)
# install.packages("flextable")
# 可以看到prisma需要的参数有3个，一个是node的水平，一个是node的类型，一个是文本

flextable::flextable(prismaFormat)

prismaLvl	nodeType	prismaTxt
1	Source	Source: c(N=30)
1	Source	Source: b(N=32)
1	Source	Source: a(N=38)
2	Filter	Filter: d(N=17)
3	Filter	Filter: c(N=27)
4	Filter	Filter: b(N=14)
5	Filter	Filter: a(N=24)
2	Node	Studies Remaining:(N=83)
3	Node	Studies Remaining:(N=56)
4	Node	Studies Remaining:(N=42)
5	Node	Studies Remaining:(N=18)
6	End	Studies in Analysis(N=18)

# 更改文本
prismaFormat$prismaTxt[1] <- "huoxingwa"
getPrisma(studyStatus = NULL, prismaFormat = prismaFormat) %>% DiagrammeR::grViz(.)

huoxingwaStudies Remaining:(N=83)Source: b(N=32)Source: a(N=38)Filter: d(N=17)Filter: c(N=27)Filter: b(N=14)Filter: a(N=24)Studies Remaining:(N=56)Studies Remaining:(N=42)Studies Remaining:(N=18)Studies in Analysis(N=18)

# 更改字体大小
prismaFormat$fontSize <- 15
prismaFormat$fontSize[1] <- 10
getPrisma(studyStatus = NULL, prismaFormat = prismaFormat) %>% DiagrammeR::grViz(.)

## prismaFormat是比较重要的一个输入结构，因此，也可以直接从prisma这里输入数据，不用第一种方式也是可以的

prismaFormat <-
  data.frame(
    prismaLvl = c(1,1,1,2,2,3),
    nodeType =  c("Source", "Source","Source", "Node", "Filter", "End"),
    prismaTxt = letters[1:6]
  )

getPrisma(studyStatus = NULL, prismaFormat = prismaFormat) %>% DiagrammeR::grViz(.)

adbcef

结束语

从效率角度上来说，可以避免绘制流程图的框框，但是从代码角度来讲，还是费劲的，不过，可重复性强，改改就可以出新的流程图，嫌输入麻烦，可以在excel中输入好节点，直接绘制，还是不错的。电脑也坏了，不禁造啊，头疼了两天，我又回来了。 love&peace

R海拾遗-流程图prismadiagramR

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sunqi

2020/7/23

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