在genome browser中添加自己的注释文件

genome browser中的track hub默认是用的GENCODE vM23（mouse）：

不过有时候我们需要用自己的注释文件，主要有两种方式可以实现：add custom track或者将GTF文件转为bigBed文件写到trackDb.txt中。

1. add custom track

在track hubs的页面的最下面选择add custom track：

在以下界面填写url或者直接上传文件：

然后在如下界面点击go就可以了：

这样方便快捷，但是有个很大的弊端，就是这样自己看可以，但是当我们把链接（http://genome-asia.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=mm10&hubUrl=http://***/***/***/hub.txt）分享给别人的时候，只会出现我们写在hub.txt的内容，不会出现custom track的内容。所以我们在custom track中添加的GTF也就不会被别人看到。

我们可以将GTF 转为bigBed写在hub.txt中，这样就可以被别人看到了。

2. GTF转bigBed

由于trackDb.txt仅支持如下二进制文件，所以GTF写进去会报错：

因此我们可以用UCSC的三个组件将GTF转为bigBed文件:

conda install ucsc-gtftogenepred
conda install ucsc-genepredtobed
conda install ucsc-bedtobigbed

gtfToGenePred input_annotation.gtf annotation.genePred

genePredToBed annotation.genePred annotation.bed12

# sort bed12
sort -k1,1 -k2,2n annotation.bed12 > annotation.sorted.bed

bedToBigBed -type=bed12 annotation.sorted.bed ~/mm10/mm10.chrom.sizes annotation.bigBed

然后在trackDb.txt中加入：

track Annotation
bigDataUrl annotation.bigBed
shortLabel my own annotation
longLabel my own annotation
visibility full
type bigBed 12
priority 1

一定注意type必须要写bigBed 12，只写bigBed的话，注释结果与GTF不同，显示不出exons与introns。（但是如果将同样的文件医add custom track的情况加入的话则可以）