R语言绘图 | 绘制QQ图和曼哈顿图

QQ图和曼哈顿图是GWAS结果展示必备的图，今天小编教大家使用R包"CMplot"绘制这两个图。

首先准备输入文件：

第一列为SNP标记名称，第二列为染色体名称，第三列为SNP标记的物理位置，第四列为关联分析得到的P值，保存为制表符"Tab"分隔的文件。

## 安装R包
install.packages("CMplot")
## 加载R包
library("CMplot")
## 导入数据
gwas <- read.table("input.txt",sep="t",header=T)
## 绘制Q-Q plot
CMplot(gwas,plot.type="q",conf.int=TRUE,box=FALSE,file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE,width=5,height=5)

执行完毕后就可以看到我们的工作目录内产生了一个以"QQplot"为前缀的文件。

## 绘制Rectangular-Manhattan plot
CMplot(gwas,plot.type="m",LOG10=TRUE,threshold=1e-5,file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE,width=14,height=6,signal.col=NULL)

执行完毕后就可以看到我们的工作目录内产生了一个以"Rectangular-Manhattan"为前缀的文件，可以使用threshold加数值确定红线的位置。

简单几行命令，QQ图和曼哈顿图就绘制好啦！

参考资料：

https://github.com/YinLiLin/R-CMplot