使用PopLDdecay快速进行连锁不平衡分析
时间:2022-07-23
本文章向大家介绍使用PopLDdecay快速进行连锁不平衡分析,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
PopLDdecay是一个快速进行连锁不平衡衰减分析的工具,只需输入vcf文件就可完成所有分析,计算速度非常快。
首先,我们需要安装PopLDdecay。
## 下载
git clone https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay.git
## 安装
cd PopLDdecay
chmod 755 ./configure
./configure
make
cd ./bin/
./PopLDdecay
出现上述界面时,PopLDdecay就安装好啦。
接下来,我们要计算LD Decay结果。
## 计算LD Decay
./PopLDdecay -InVCF ./snp.vcf -MaxDist 1000 -OutType 3 -OutStat out
-InVCF:输入vcf文件。
-MaxDist:最长Decay距离。
-OutType:输出文件格式。
-OutStat:输出文件前缀。
更多参数含义可以看上图。
得到LD Decay结果后我们就可以绘制LD Decay图啦。
## 绘制LD Decay图
perl ./Plot_OnePop.pl -inFile snp.stat.gz -bin1 10 -bin2 100 -break 100 -output snp
-inFile:上一步计算生成的后缀为stat.gz的文件。
-break:距离小于break设置的值时,使用bin1计算R2,大于break设置的值时使用bin2计算R2。调整这三个参数,可以使我们的曲线变得平滑。
-output:输出文件前缀。
更多参数含义可以看上图。
除此之外,PopLDdecay还有许多个性化参数,大家在用到时可以查阅Manual使用。快拿自己的数据试试吧~
参考资料:
https://www.jianshu.com/p/a36bd4145ef7
- Spring Boot中使用RabbitMQ
- Spring Cloud构建微服务架构:消息驱动的微服务(入门)【Dalston版】
- 哪类人适合当产品经理?
- 产品经理·杂谈
- Python机器学习中的特征选择
- Android学习第八弹之改变状态栏的颜色使其与APP风格一体化
- 手把手教你 MongoDB 的安装与详细使用(二)
- 搭建 MongoDB分片(sharding) / 分区 / 集群环境
- Android调用手机中的应用市场,去评分的功能实现
- ANR 原理与实战技巧
- Android将应用程序的崩溃信息如何保存到本地文件,并上传至服务器
- android native内存检测方案(二)
- 测试数据集与验证数据集之间有什么区别呢?
- 深度学习的未来
- JavaScript 教程
- JavaScript 编辑工具
- JavaScript 与HTML
- JavaScript 与Java
- JavaScript 数据结构
- JavaScript 基本数据类型
- JavaScript 特殊数据类型
- JavaScript 运算符
- JavaScript typeof 运算符
- JavaScript 表达式
- JavaScript 类型转换
- JavaScript 基本语法
- JavaScript 注释
- Javascript 基本处理流程
- Javascript 选择结构
- Javascript if 语句
- Javascript if 语句的嵌套
- Javascript switch 语句
- Javascript 循环结构
- Javascript 循环结构实例
- Javascript 跳转语句
- Javascript 控制语句总结
- Javascript 函数介绍
- Javascript 函数的定义
- Javascript 函数调用
- Javascript 几种特殊的函数
- JavaScript 内置函数简介
- Javascript eval() 函数
- Javascript isFinite() 函数
- Javascript isNaN() 函数
- parseInt() 与 parseFloat()
- escape() 与 unescape()
- Javascript 字符串介绍
- Javascript length属性
- javascript 字符串函数
- Javascript 日期对象简介
- Javascript 日期对象用途
- Date 对象属性和方法
- Javascript 数组是什么
- Javascript 创建数组
- Javascript 数组赋值与取值
- Javascript 数组属性和方法
- 配置压缩版mysql 5.7以上版本
- nutz 自定义sql的使用
- nutz 中 子模块 参数的使用。
- java向mysql插入数据乱码问题解决
- java向数据库中插入中文出现乱码
- Flutter基础widgets教程-FractionallySizedBox篇
- 关于myeclipse控制台输出中文乱码的问题
- nutz 自定义查询 分页 取值
- jquery-uploadifyv3.2.1 文件上传插件 学习
- Flutter基础widgets教程-Icon篇
- Redis:持久化
- Flutter基础widgets教程-IconButton篇
- Flutter基础widgets教程-Image篇
- Go - 学习 grpc.Dial(target string, opts …DialOption) 的写法
- Flutter基础widgets教程-IntrinsicHeight篇