【视频讲解】-使用rmarkdown来制作html报表
第一步:安装R语言及Rstudio
首先根据操作系统来安装R语言软件
最好是安装最新版
- Download R for Windows from CRAN
- Download R for macOS from CRAN
- Download R for Linux from CRAN
Note for macOS: If you do not already have X11 installed in Applications
> X11
, download and install it.
这个很容易,就跟下载QQ微信一样,不停的下一步即可,全部选择默认的安装配置。
然后安装RStudio编辑器
RStudio is a graphical development environment you can use as an alternative to command line R. RStudio requires R to be installed.
- Download RStudio for your operating system
选择免费版本即可,安装成功之后就可以打开RStudio,所有的操作均在里面完成。
第二步:了解markdown语法
一般来说做笔记分享,需要用markdown语法,不熟悉的人可能会害怕,但是一旦你花15分钟了解了它,你会爱上写作,相信我。
学习markdown,可以先看看扫盲贴:http://kaopubear.top/2017-02-04-trymarkdown.html
至于语法本身,自己随便搜索学习吧,比如http://wowubuntu.com/markdown/
学习编辑器,推荐typora:https://vip.biotrainee.com/d/82-typora-markdown/10
第三步:安装必备的R包
如果是普通的R包,用install.packages
即可,如下:
install.packages("matrixStats",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("ape",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("DT",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
install.packages("shiny",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
之所以设置后面的repos
,主要是考虑到中国大陆的特色网络墙。
如果是bioconductor的包,使用biocLite
即可,如下:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("ALL")
biocLite("airway")
同理,也是设置了镜像。
如果是GitHub上面的R包,也可以使用biocLite
,如下:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# https://github.com/jmzeng1314/humanid
biocLite("jmzeng1314/humanid")
第四步:新建rmarkdown文件并且输出html报表
进入Rstudio编辑器,新建
理解并且修改文件内容
输出html报表
实践一下下面的例子
一个统计学里面的逻辑分析的讲解
http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial_for_logical_analysis.html
下面是一个表达矩阵的15个常见的可视化图形的制作:
http://bio-info-trainee.com/tmp/basic_visualization_for_expression_matrix.html
用deconstructSigs来做cosmic的mutation signature图
http://biotrainee.com/jmzeng/markdown/deconstuctSigs.html
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