【直播】我的基因组68:看看哪些基因的突变较多,哪些较少
时间:2022-05-03
本文章向大家介绍【直播】我的基因组68:看看哪些基因的突变较多,哪些较少,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
全基因组分析后的vcf突变文件记录了四百多万个位点,前面我们讲到了如何把它们注释到dbSNP数据库ID,一般来说有注释的位点也就顺便注释到了基因,所以可以简单写一个程序来看看哪些基因的突变位点最多:
cat autochr.highQuali.dbsnp.vcf |perl -alne '{/GENEINFO=(.*?)[;,|]/;$h{$1}++ if $1 }END{print "$_t$h{$_}" foreach keys %h}' >~/tmp/vcf.gene.stat
简单统计结果如下;
当然,其实并不需要注释到dbSNP数据后再进行统计,可以直接对vcf文件进行基因注释,因为vcf文件本身就记录着坐标,把vcf文件按照bed格式稍微转换一下,就可以用bedtools来进行注释啦。
首先制备好基因的坐标文件,染色体号,基因定位的起始终止坐标即可,比如下面这个SPIN1基因:
可以看到, 有10个突变位点注释到了这个基因,可以其中只有4个是dbSNP数据库记录的,所以最开始统计的基因的突变个数排行不是很准确。
那么我们就针对这个bedtools closest 结果进行统计吧:
可以看到几乎每个基因的突变个数都增加了,因为不需要被dbSNP数据库收录啦。
再看看基因突变个数的个数的变化:
之前突变个数为1的那些基因有1324个,但是现在只剩下了712个!
如果可视化在图上,就能看到条形图很明显的右移,不过这不是重点。
FAQ
为什么有712个基因仅仅发现一个突变呢?是这个基因太保守了吗?还是这个基因长度太短了?同理,那些突变异常多的基因又有什么特征呢?
我选取了那712个只有一个变异位点的基因,还有超过400个变异位点的909个基因。
很明显,从长度来解释是一个很好的角度~~
以上的变异位点,都应该改名叫做多态性位点。
文:Jimmy
图文编辑:吃瓜群众
- 如果正确读取SQL Server中的扩展事件?
- android自定义xmls文件属性
- 分布式系统中的RPC请求经常出现乱序的情况 写一个算法来将一个乱序的序列保序输出
- jsoup详解
- 用LogParser对IIS 日志进行分析
- android异步任务asyntask详解
- 在Mono 2.8上部署ASP.NET MVC 2
- java虚拟机构造原理
- java造成内存泄露原因
- opensuse nginx+mono 2.8支持aspx环境的配置
- android-async-http详解
- java线程间通信
- android scrollview嵌套listview计算高度的问题
- 手把手教你安装深度学习软件环境(附代码)
- JavaScript 教程
- JavaScript 编辑工具
- JavaScript 与HTML
- JavaScript 与Java
- JavaScript 数据结构
- JavaScript 基本数据类型
- JavaScript 特殊数据类型
- JavaScript 运算符
- JavaScript typeof 运算符
- JavaScript 表达式
- JavaScript 类型转换
- JavaScript 基本语法
- JavaScript 注释
- Javascript 基本处理流程
- Javascript 选择结构
- Javascript if 语句
- Javascript if 语句的嵌套
- Javascript switch 语句
- Javascript 循环结构
- Javascript 循环结构实例
- Javascript 跳转语句
- Javascript 控制语句总结
- Javascript 函数介绍
- Javascript 函数的定义
- Javascript 函数调用
- Javascript 几种特殊的函数
- JavaScript 内置函数简介
- Javascript eval() 函数
- Javascript isFinite() 函数
- Javascript isNaN() 函数
- parseInt() 与 parseFloat()
- escape() 与 unescape()
- Javascript 字符串介绍
- Javascript length属性
- javascript 字符串函数
- Javascript 日期对象简介
- Javascript 日期对象用途
- Date 对象属性和方法
- Javascript 数组是什么
- Javascript 创建数组
- Javascript 数组赋值与取值
- Javascript 数组属性和方法