CIRCOS圈图绘制 - circos安装
时间:2022-04-26
本文章向大家介绍CIRCOS圈图绘制 - circos安装,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
Circos
是绘制圈图的神器,在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。
Circos可以在线使用,在线使用时是把表格转为圈图,不过只允许最大75行和75列;做一些简单的示意图会比较好,最后时会介绍下在线的tableviewer
的使用。
也可以安装在本地,在本地可以绘制基于基因组的更复杂的图。
Circos由Perl写成,安装相对简单,只要Perl的包都装好了就可以了。
Circos安装
- 从http://circos.ca/software/download/circos/下载Circos安装包,并解压,把安装包内的bin目录加载到环境变量。 tar xvzf circos-0.69.tgz ln -s `pwd`/circos-0.69/bin ~/bin #make sure ~/bin is in $PATH or export PATH=$PATH:`pwd`/circos-0.69/bin
- 安装依赖的Perl包
- 获得依赖的Perl包,
circos -module
- 配置CPANM wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::lib eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib` echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.bash_profile echo 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.bash_profile
- Install needed modules by typing
cpanm YAML Clone Config::General Font::TTF::Font GD GD::Polyline List::MoreUtils Math::Bezier Math::Round Math::VecStat Params::Validate Readonly Regexp::Common SVG Set::IntSpan Statistics::Basic Text::Format
interminal
. - Install
libgd
from http://libgd.bitbucket.org ifGD
can not be installed. Make suregdlib-config
is $PATH.
- 获得依赖的Perl包,
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