生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络
时间:2022-04-26
本文章向大家介绍生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
我是谁?我在哪儿?我在查什么?
在信息爆炸的时代,相信很多小伙伴在查文章时会因信息量太大而抓狂。今天带来一款设计简洁、功能全面的基因功能查询工具,助你事半功倍,心情倍儿爽。
EVEX在线查询数据库(http://evexdb.org/)是一款以基因为检索对象,以PubMed和PubMed Central中发表文章的摘要和全文为依据的文本挖掘(text mining)数据库。由于检索结果都是以被检索的基因为中心,因此条理非常清晰,大家来感受下:
以小鼠Oct4
基因为例,想知道与Oct4
相互作用的基因有哪些?只需在EVEX
上搜索到小鼠Oct4
基因。
点开之后即进入检索结果,可以看到有四类基因,包括被Oct4
调节的71
个基因、能够调节Oct4
的80
个基因、与Oct4
有结合的133
个基因、以及与Oct4
共同参与调节的1336
个基因。
以第一类为例,点开之后可以看到具体的被Oct4
调节的基因,以及Confidence
最高的支持这一调节关系的原文。
以Oct4
调节Nanog
为例,点击Show more
之后可以看到所有支持这一调节关系的原文以及相应的PubMed链接。
此外,EVEX数据库还可以同时检索两个基因,这将显示这两个基因之间的调节关系。以小鼠的Oct4
和Nanog
为例:
点击Show interactions
之后可以看到Oct4
和Nanog
之间的各种调节关系。可以直接查看,也可以导入Cytoscape
绘制调控网络图。(后台回复 cytoscape
可获取对应文章)
最后,重要的事情说三遍:一定要去看原文,一定要去看原文,一定要去看原文。文本挖掘是机器读取的结果,而EVEX
也不是AlphaGo
。因此难免会出错。EVEX只是一个基因功能查询工具,最终下结论的人还是你。
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