network3D 交互式网络生成
时间:2022-05-06
本文章向大家介绍network3D 交互式网络生成,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
networkD3是基于D3JS的R包交互式绘图工具,用于转换R语言生成的图为交互式网页嵌套图。目前支持网络图,桑基图,树枝图 (后续相继推出)等。
关于网络图的绘制,我们之前有5篇文章,可点击查看。
- Cytoscape教程1
- Cytoscape之操作界面介绍
- 新出炉的Cytoscape视频教程
- Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析
- 一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现
也可以使用此文介绍的network3D绘制交互式网络图,输入数据与Cytoscape需要的数据格式一致。
运行下方脚本,可得到这个网络图。是关于我们培训现在开通报名的课程、开过的课程和即将要开的课程。
如果需要用自己的数据,也只需替换数据部分,其它部分都是写好的通用脚本。
#install.packages("networkD3")
library("networkD3")
# 网络数据和节点属性数据以类似格式存入文本文件即可
# 网络文件有3列组成,第一列为
network <- "Src;Target;Value
Bioinfo;Biology;4
Bioinfo;Math;4
Bioinfo;Program;4
Bioinfo;NGS;4
Program;Linux;1
Program;Python;1
Program;R;1
NGS;RNAseq;1
NGS;ChIPseq;3
NGS;16Sseq;3
NGS;Metagenome;1
NGS;SingeCellSeq;3
NGS;DNAmethylseq;1
NGS;lncRNA;3
NGS;Exomeseq;1
NGS;TCGA;1
"
attribute <- "name;group;size
Bioinfo;Class;4
Biology;Class;4
Math;Class;4
Program;Class;4
NGS;Class;4
Linux;On;2
Python;Off;2
R;Off;2
RNAseq;Off;1
ChIPseq;On;1
16Sseq;On;1
Metagenome;On;1
SingeCellSeq;InPrepare;1
DNAmethylseq;InPrepare;1
lncRNA;InPrepare;1
Exomeseq;InPrepare;1
TCGA;InPrepare;1"
network <- read.table(text=network, sep=";", header=T, row.names=NULL, quote="", comment="")
network <- network[,1:3]
colnames(network) <- c("Src", "Target", "Value")
nodes <- unique(c(network$Src, network$Target))
factor_list <- sort(unique(c(levels(network$Src), levels(network$Target))))
num_list <- 0:(length(factor_list)-1)
levels(network$Src) <- num_list[factor_list %in% levels(network$Src)]
levels(network$Target) <- num_list[factor_list %in% levels(network$Target)]
attribute <- read.table(text=attribute, sep=";", header=T, row.names=NULL, quote="", comment="")
attribute <- attribute[match(factor_list, attribute$name),]
forceNetwork(Links = network, Nodes = attribute,
width = 600, height=400,
Source = "Src", Target = "Target",
Value = "Value", NodeID = "name",
Group = "group", opacity = 1,
legend = T, zoom = T, Nodesize = "size",
bounded = T, opacityNoHover = 1, fontSize = 15)
说到交互式可视化,还有之前推出的:
- JavaScript 教程
- JavaScript 编辑工具
- JavaScript 与HTML
- JavaScript 与Java
- JavaScript 数据结构
- JavaScript 基本数据类型
- JavaScript 特殊数据类型
- JavaScript 运算符
- JavaScript typeof 运算符
- JavaScript 表达式
- JavaScript 类型转换
- JavaScript 基本语法
- JavaScript 注释
- Javascript 基本处理流程
- Javascript 选择结构
- Javascript if 语句
- Javascript if 语句的嵌套
- Javascript switch 语句
- Javascript 循环结构
- Javascript 循环结构实例
- Javascript 跳转语句
- Javascript 控制语句总结
- Javascript 函数介绍
- Javascript 函数的定义
- Javascript 函数调用
- Javascript 几种特殊的函数
- JavaScript 内置函数简介
- Javascript eval() 函数
- Javascript isFinite() 函数
- Javascript isNaN() 函数
- parseInt() 与 parseFloat()
- escape() 与 unescape()
- Javascript 字符串介绍
- Javascript length属性
- javascript 字符串函数
- Javascript 日期对象简介
- Javascript 日期对象用途
- Date 对象属性和方法
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- Javascript 数组赋值与取值
- Javascript 数组属性和方法
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