amber模拟kcl水溶液
最近刚开始学习amber软件,看网上的教程勉强知道怎么操作这个amber了。就暂时跑了个分子动力学,其他的啥也没处理。先把我的操作过程记录下来吧,免得日后忘记。
一、构建kcl.pdb结构
利用GaussView构建结构,其实很简单,就分别选择K和Cl,然后在窗口点两下,保存成kcl.pdb。
二、利用xleap获得sander的输入.top拓扑文件和.crd坐标文件
①打开xleap,在命令行输入xleap
②导入spce水的leaprc文件,这个文件包含一些基本的离子的参数,我这里使用的是spce水。amber还自带有其他的水模型文件,在$AMBERHOME/dat/leap/cmd下面。
source leaprc.water.spce
kcl = loadpdb kcl.pdb
edit kcl
③修改kcl的原子类型和电荷
鼠标选择两个原子,然后Edit-Edit selected atoms,修改原子类型为K+、Cl-,这是因为第②导入的力场里面K、Cl的原子类型就是K+和Cl-。修改完之后保存
④设置盒子以及溶剂化
set kcl box { 30 30 30 }
solvatebox kcl TIP3PBOX 0
⑤保存amber拓扑和坐标文件
saveamberparm kcl kcl-water-box.top kcl-water-box.crd
savepdb kcl kcl-water-box.pdb
三、跑能量最小化
最小化文件enmin.in如下,参数控制在&cntrl ... /里面,注释符号是啥我暂时还没搞清楚
原文地址:https://www.cnblogs.com/byblue/p/15377269.html
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