Spark JVM调优:降低cache操作的内存占比和调节executor堆外内存与连接等待时长+shuffer调优

时间:2019-09-02
本文章向大家介绍Spark JVM调优:降低cache操作的内存占比和调节executor堆外内存与连接等待时长+shuffer调优,主要包括Spark JVM调优:降低cache操作的内存占比和调节executor堆外内存与连接等待时长+shuffer调优使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。

一.JVM调优之原理概述以及降低cache操作的内存占比

1、常规性能调优:分配资源、并行度。。。等

2、JVM调优(Java虚拟机):JVM相关的参数,通常情况下,如果你的硬件配置、基础的JVM的配置,都ok的话,JVM通常不会造成太严重的性能问题;反而更多的是,在troubleshooting中,JVM占了很重要的地位;JVM造成线上的spark作业的运行报错,甚至失败(比如OOM)。

3、shuffle调优(相当重要):spark在执行groupByKey、reduceByKey等操作时的,shuffle环节的调优。这个很重要。shuffle调优,其实对spark作业的性能的影响,是相当之高!!!经验:在spark作业的运行过程中,只要一牵扯到有shuffle的操作,基本上shuffle操作的性能消耗,要占到整个spark作业的50%~90%。10%用来运行map等操作,90%耗费在两个shuffle操作。groupByKey、countByKey。

4、spark操作调优(spark算子调优,比较重要):groupByKey,countByKey或aggregateByKey来重构实现。有些算子的性能,是比其他一些算子的性能要高的。foreachPartition替代foreach。如果一旦遇到合适的情况,效果还是不错的。

理论基础:

spark是用scala开发的。大家不要以为scala就跟java一点关系都没有了,这是一个很常见的错误。

spark的scala代码调用了很多java api。scala也是运行在java虚拟机中的。spark是运行在java虚拟机中的。

java虚拟机可能会产生什么样的问题:内存不足??!!

我们的RDD的缓存、task运行定义的算子函数,可能会创建很多对象。都可能会占用大量内存,没搞好的话,可能导致JVM出问题。

每一次放对象的时候,都是放入eden区域,和其中一个survivor区域;另外一个survivor区域是空闲的。

当eden区域和一个survivor区域放满了以后(spark运行过程中,产生的对象实在太多了),就会触发minor gc,小型垃圾回收。把不再使用的对象,从内存中清空,给后面新创建的对象腾出来点儿地方。

清理掉了不再使用的对象之后,那么也会将存活下来的对象(还要继续使用的),放入之前空闲的那一个survivor区域中。这里可能会出现一个问题。默认eden、survior1和survivor2的内存占比是8:1:1。问题是,如果存活下来的对象是1.5,一个survivor区域放不下。此时就可能通过JVM的担保机制(不同JVM版本可能对应的行为),将多余的对象,直接放入老年代了。

如果你的JVM内存不够大的话,可能导致频繁的年轻代内存满溢,频繁的进行minor gc。频繁的minor gc会导致短时间内,有些存活的对象,多次垃圾回收都没有回收掉。会导致这种短声明周期(其实不一定是要长期使用的)对象,年龄过大,垃圾回收次数太多还没有回收到,跑到老年代。

老年代中,可能会因为内存不足,囤积一大堆,短生命周期的,本来应该在年轻代中的,可能马上就要被回收掉的对象。此时,可能导致老年代频繁满溢。频繁进行full gc(全局/全面垃圾回收)。full gc就会去回收老年代中的对象。full gc由于这个算法的设计,是针对的是,老年代中的对象数量很少,满溢进行full gc的频率应该很少,因此采取了不太复杂,但是耗费性能和时间的垃圾回收算法。full gc很慢。

full gc / minor gc,无论是快,还是慢,都会导致jvm的工作线程停止工作,stop the world。简而言之,就是说,gc的时候,spark停止工作了。等着垃圾回收结束。

内存不充足的时候,问题:
1、频繁minor gc,也会导致频繁spark停止工作
2、老年代囤积大量活跃对象(短生命周期的对象),导致频繁full gc,full gc时间很长,短则数十秒,长则数分钟,甚至数小时。可能导致spark长时间停止工作。
3、严重影响咱们的spark的性能和运行的速度。

JVM调优的第一个点:降低cache操作的内存占比

spark中,堆内存又被划分成了两块儿,一块儿是专门用来给RDD的cache、persist操作进行RDD数据缓存用的;另外一块儿,就是我们刚才所说的,用来给spark算子函数的运行使用的,存放函数中自己创建的对象。

默认情况下,给RDD cache操作的内存占比,是0.6,60%的内存都给了cache操作了。但是问题是,如果某些情况下,cache不是那么的紧张,问题在于task算子函数中创建的对象过多,然后内存又不太大,导致了频繁的minor gc,甚至频繁full gc,导致spark频繁的停止工作。性能影响会很大。

针对上述这种情况,大家可以在之前我们讲过的那个spark ui。yarn去运行的话,那么就通过yarn的界面,去查看你的spark作业的运行统计,很简单,大家一层一层点击进去就好。可以看到每个stage的运行情况,包括每个task的运行时间、gc时间等等。如果发现gc太频繁,时间太长。此时就可以适当调价这个比例。

降低cache操作的内存占比,大不了用persist操作,选择将一部分缓存的RDD数据写入磁盘,或者序列化方式,配合Kryo序列化类,减少RDD缓存的内存占用;降低cache操作内存占比;对应的,算子函数的内存占比就提升了。这个时候,可能,就可以减少minor gc的频率,同时减少full gc的频率。对性能的提升是有一定的帮助的。

一句话,让task执行算子函数时,有更多的内存可以使用。

spark.storage.memoryFraction,0.6 -> 0.5 -> 0.4 -> 0.2

二.JVM调优之调节executor堆外内存与连接等待时长

executor堆外内存

有时候,如果你的spark作业处理的数据量特别特别大,几亿数据量;然后spark作业一运行,时不时的报错,shuffle file cannot find,executor、task lost,out of memory(内存溢出);

可能是说executor的堆外内存不太够用,导致executor在运行的过程中,可能会内存溢出;然后可能导致后续的stage的task在运行的时候,可能要从一些executor中去拉取shuffle map output文件,但是executor可能已经挂掉了,关联的block manager也没有了;所以可能会报shuffle output file not found;resubmitting task;executor lost;spark作业彻底崩溃。

上述情况下,就可以去考虑调节一下executor的堆外内存。也许就可以避免报错;此外,有时,堆外内存调节的比较大的时候,对于性能来说,也会带来一定的提升。

--conf spark.yarn.executor.memoryOverhead=2048

spark-submit脚本里面,去用--conf的方式,去添加配置;一定要注意!!!切记,不是在你的spark作业代码中,用new SparkConf().set()这种方式去设置,不要这样去设置,是没有用的!一定要在spark-submit脚本中去设置。

spark.yarn.executor.memoryOverhead(看名字,顾名思义,针对的是基于yarn的提交模式)

默认情况下,这个堆外内存上限大概是300多M;后来我们通常项目中,真正处理大数据的时候,这里都会出现问题,导致spark作业反复崩溃,无法运行;此时就会去调节这个参数,到至少1G(1024M),甚至说2G、4G

通常这个参数调节上去以后,就会避免掉某些JVM OOM的异常问题,同时呢,会让整体spark作业的性能,得到较大的提升。

 

三.Shuffle调优之原理概述

什么样的情况下,会发生shuffle?

在spark中,主要是以下几个算子:groupByKey、reduceByKey、countByKey、join,等等。

什么是shuffle?

groupByKey,要把分布在集群各个节点上的数据中的同一个key,对应的values,都给集中到一块儿,集中到集群中同一个节点上,更严密一点说,就是集中到一个节点的一个executor的一个task中。

然后呢,集中一个key对应的values之后,才能交给我们来进行处理,<key, Iterable<value>>;reduceByKey,算子函数去对values集合进行reduce操作,最后变成一个value;countByKey,需要在一个task中,获取到一个key对应的所有的value,然后进行计数,统计总共有多少个value;join,RDD<key, value>,RDD<key, value>,只要是两个RDD中,key相同对应的2个value,都能到一个节点的executor的task中,给我们进行处理。

reduceByKey(_+_)

问题在于,同一个单词,比如说(hello, 1),可能散落在不同的节点上;对每个单词进行累加计数,就必须让所有单词都跑到同一个节点的一个task中,给一个task来进行处理。


每一个shuffle的前半部分stage的task,每个task都会创建下一个stage的task数量相同的文件,比如下一个stage会有100个task,那么当前stage每个task都会创建100份文件;会将同一个key对应的values,一定是写入同一个文件中的;不同节点上的task,也一定会将同一个key对应的values,写入下一个stage,同一个task对应的文件中。

shuffle的后半部分stage的task,每个task都会从各个节点上的task写的属于自己的那一份文件中,拉取key, value对;然后task会有一个内存缓冲区,然后会用HashMap,进行key, values的汇聚;(key ,values);

task会用我们自己定义的聚合函数,比如reduceByKey(_+_),把所有values进行一对一的累加;聚合出来最终的值。就完成了shuffle。


shuffle,一定是分为两个stage来完成的。因为这其实是个逆向的过程,不是stage决定shuffle,是shuffle决定stage。

reduceByKey(_+_),在某个action触发job的时候,DAGScheduler,会负责划分job为多个stage。划分的依据,就是,如果发现有会触发shuffle操作的算子,比如reduceByKey,就将这个操作的前半部分,以及之前所有的RDD和transformation操作,划分为一个stage;shuffle操作的后半部分,以及后面的,直到action为止的RDD和transformation操作,划分为另外一个stage。

shuffle前半部分的task在写入数据到磁盘文件之前,都会先写入一个一个的内存缓冲,内存缓冲满溢之后,再spill溢写到磁盘文件中。

四.Shuffle调优之合并map端输出文件

问题来了:默认的这种shuffle行为,对性能有什么样的恶劣影响呢?

实际生产环境的条件:
100个节点(每个节点一个executor):100个executor
每个executor:2个cpu core
总共1000个task:每个executor平均10个task

每个节点,10个task,每个节点会输出多少份map端文件?10 * 1000=1万个文件

总共有多少份map端输出文件?100 * 10000 = 100万。


第一个stage,每个task,都会给第二个stage的每个task创建一份map端的输出文件

第二个stage,每个task,会到各个节点上面去,拉取第一个stage每个task输出的,属于自己的那一份文件。


shuffle中的写磁盘的操作,基本上就是shuffle中性能消耗最为严重的部分。

通过上面的分析,一个普通的生产环境的spark job的一个shuffle环节,会写入磁盘100万个文件。

磁盘IO对性能和spark作业执行速度的影响,是极其惊人和吓人的。

基本上,spark作业的性能,都消耗在shuffle中了,虽然不只是shuffle的map端输出文件这一个部分,但是这里也是非常大的一个性能消耗点。

开启了map端输出文件的合并机制之后:

第一个stage,同时就运行cpu core个task,比如cpu core是2个,并行运行2个task;每个task都创建下一个stage的task数量个文件;

第一个stage,并行运行的2个task执行完以后;就会执行另外两个task;另外2个task不会再重新创建输出文件;而是复用之前的task创建的map端输出文件,将数据写入上一批task的输出文件中。

第二个stage,task在拉取数据的时候,就不会去拉取上一个stage每一个task为自己创建的那份输出文件了;而是拉取少量的输出文件,每个输出文件中,可能包含了多个task给自己的map端输出。

提醒一下(map端输出文件合并):

只有并行执行的task会去创建新的输出文件;下一批并行执行的task,就会去复用之前已有的输出文件;但是有一个例外,比如2个task并行在执行,但是此时又启动要执行2个task;那么这个时候的话,就无法去复用刚才的2个task创建的输出文件了;而是还是只能去创建新的输出文件。

要实现输出文件的合并的效果,必须是一批task先执行,然后下一批task再执行,才能复用之前的输出文件;负责多批task同时起来执行,还是做不到复用的。


开启了map端输出文件合并机制之后,生产环境上的例子,会有什么样的变化?

实际生产环境的条件:
100个节点(每个节点一个executor):100个executor
每个executor:2个cpu core
总共1000个task:每个executor平均10个task

每个节点,2个cpu core,有多少份输出文件呢?2 * 1000 = 2000个
总共100个节点,总共创建多少份输出文件呢?100 * 2000 = 20万个文件

相比较开启合并机制之前的情况,100万个

map端输出文件,在生产环境中,立减5倍!


合并map端输出文件,对咱们的spark的性能有哪些方面的影响呢?

1、map task写入磁盘文件的IO,减少:100万文件 -> 20万文件
2、第二个stage,原本要拉取第一个stage的task数量份文件,1000个task,第二个stage的每个task,都要拉取1000份文件,走网络传输;合并以后,100个节点,每个节点2个cpu core,第二个stage的每个task,主要拉取100 * 2 = 200个文件即可;网络传输的性能消耗是不是也大大减少

分享一下,实际在生产环境中,使用了spark.shuffle.consolidateFiles机制以后,实际的性能调优的效果:对于上述的这种生产环境的配置,性能的提升,还是相当的客观的。spark作业,5个小时 -> 2~3个小时。

大家不要小看这个map端输出文件合并机制。实际上,在数据量比较大,你自己本身做了前面的性能调优,executor上去->cpu core上去->并行度(task数量)上去,shuffle没调优,shuffle就很糟糕了;大量的map端输出文件的产生。对性能有比较恶劣的影响。

这个时候,去开启这个机制,可以很有效的提升性能。

五.Shuffle调优之调节map端内存缓冲与reduce端内存占比

spark.shuffle.file.buffer,默认32k
spark.shuffle.memoryFraction,0.2

map端内存缓冲,reduce端内存占比;很多资料、网上视频,都会说,这两个参数,是调节shuffle性能的不二选择,很有效果的样子,实际上,不是这样的。

以实际的生产经验来说,这两个参数没有那么重要,往往来说,shuffle的性能不是因为这方面的原因导致的

但是,有一点点效果的,broadcast,数据本地化等待时长;这两个shuffle调优的小点,其实也是需要跟其他的大量的小点配合起来使用,一点一点的提升性能,最终很多个性能调优的小点的效果,汇集在一起之后,那么就会有可以看见的还算不错的性能调优的效果。

reduce端task,在拉取到数据之后,会用hashmap的数据格式,来对各个key对应的values进行汇聚。

针对每个key对应的values,执行我们自定义的聚合函数的代码,比如_ + _(把所有values累加起来)

reduce task,在进行汇聚、聚合等操作的时候,实际上,使用的就是自己对应的executor的内存,executor(jvm进程,堆),默认executor内存中划分给reduce task进行聚合的比例,是0.2。

问题来了,因为比例是0.2,所以,理论上,很有可能会出现,拉取过来的数据很多,那么在内存中,放不下;这个时候,默认的行为,就是说,将在内存放不下的数据,都spill(溢写)到磁盘文件中去。


原理说完之后,来看一下,默认情况下,不调优,可能会出现什么样的问题?

默认,map端内存缓冲是每个task,32kb。
默认,reduce端聚合内存比例,是0.2,也就是20%。

如果map端的task,处理的数据量比较大,但是呢,你的内存缓冲大小是固定的。可能会出现什么样的情况?

每个task就处理320kb,32kb,总共会向磁盘溢写320 / 32 = 10次。
每个task处理32000kb,32kb,总共会向磁盘溢写32000 / 32 = 1000次。

在map task处理的数据量比较大的情况下,而你的task的内存缓冲默认是比较小的,32kb。可能会造成多次的map端往磁盘文件的spill溢写操作,发生大量的磁盘IO,从而降低性能。

reduce端聚合内存,占比。默认是0.2。如果数据量比较大,reduce task拉取过来的数据很多,那么就会频繁发生reduce端聚合内存不够用,频繁发生spill操作,溢写到磁盘上去。而且最要命的是,磁盘上溢写的数据量越大,后面在进行聚合操作的时候,很可能会多次读取磁盘中的数据,进行聚合。

默认不调优,在数据量比较大的情况下,可能频繁地发生reduce端的磁盘文件的读写。

这两个点之所以放在一起讲,是因为他们俩是有关联的。数据量变大,map端肯定会出点问题;reduce端肯定也会出点问题;出的问题是一样的,都是磁盘IO频繁,变多,影响性能。


调优:

调节map task内存缓冲:spark.shuffle.file.buffer,默认32k(spark 1.3.x不是这个参数,后面还有一个后缀,kb;spark 1.5.x以后,变了,就是现在这个参数)
调节reduce端聚合内存占比:spark.shuffle.memoryFraction,0.2

在实际生产环境中,我们在什么时候来调节两个参数?

看Spark UI,如果你的公司是决定采用standalone模式,那么狠简单,你的spark跑起来,会显示一个Spark UI的地址,4040的端口,进去看,依次点击进去,可以看到,你的每个stage的详情,有哪些executor,有哪些task,每个task的shuffle write和shuffle read的量,shuffle的磁盘和内存,读写的数据量;如果是用的yarn模式来提交,课程最前面,从yarn的界面进去,点击对应的application,进入Spark UI,查看详情。

如果发现shuffle 磁盘的write和read,很大。这个时候,就意味着最好调节一些shuffle的参数。进行调优。首先当然是考虑开启map端输出文件合并机制。

调节上面说的那两个参数。调节的时候的原则。spark.shuffle.file.buffer,每次扩大一倍,然后看看效果,64,128;spark.shuffle.memoryFraction,每次提高0.1,看看效果。

不能调节的太大,太大了以后过犹不及,因为内存资源是有限的,你这里调节的太大了,其他环节的内存使用就会有问题了。

调节了以后,效果?map task内存缓冲变大了,减少spill到磁盘文件的次数;reduce端聚合内存变大了,减少spill到磁盘的次数,而且减少了后面聚合读取磁盘文件的数量。

六.Shuffle调优之HashShuffleManager与SortShuffleManager


spark.shuffle.manager:hash、sort、tungsten-sort(自己实现内存管理)
spark.shuffle.sort.bypassMergeThreshold:200



首先先声明一点:

之前我们所讲的,其实都是已经属于Spark中,比较老旧的一种shuffle manager,HashShuffleManager;这种manager,实际上,从spark 1.2.x版本以后,就不再是默认的选择了。

HashShuffleManager的原理,以及对应的一些性能调优的点,基本上,之前几讲,咱们就都讲过了。

spark 1.2.x版本以后,默认的shuffle manager,是什么呢?SortShuffleManager。

在spark 1.5.x以后,对于shuffle manager又出来了一种新的manager,tungsten-sort(钨丝),钨丝sort shuffle manager。官网上一般说,钨丝sort shuffle manager,效果跟sort shuffle manager是差不多的。

但是,唯一的不同之处在于,钨丝manager,是使用了自己实现的一套内存管理机制,性能上有很大的提升, 而且可以避免shuffle过程中产生的大量的OOM,GC,等等内存相关的异常。

来一个总结,现在相当于把spark的shuffle的东西又多讲了一些。大家理解的更加深入了。hash、sort、tungsten-sort。如何来选择?

1、需不需要数据默认就让spark给你进行排序?就好像mapreduce,默认就是有按照key的排序。如果不需要的话,其实还是建议搭建就使用最基本的HashShuffleManager,因为最开始就是考虑的是不排序,换取高性能;

2、什么时候需要用sort shuffle manager?如果你需要你的那些数据按key排序了,那么就选择这种吧,而且要注意,reduce task的数量应该是超过200的,这样sort、merge(多个文件合并成一个)的机制,才能生效把。但是这里要注意,你一定要自己考量一下,有没有必要在shuffle的过程中,就做这个事情,毕竟对性能是有影响的。

3、如果你不需要排序,而且你希望你的每个task输出的文件最终是会合并成一份的,你自己认为可以减少性能开销;可以去调节bypassMergeThreshold这个阈值,比如你的reduce task数量是500,默认阈值是200,所以默认还是会进行sort和直接merge的;可以将阈值调节成550,不会进行sort,按照hash的做法,每个reduce task创建一份输出文件,最后合并成一份文件。(一定要提醒大家,这个参数,其实我们通常不会在生产环境里去使用,也没有经过验证说,这样的方式,到底有多少性能的提升)

4、如果你想选用sort based shuffle manager,而且你们公司的spark版本比较高,是1.5.x版本的,那么可以考虑去尝试使用tungsten-sort shuffle manager。看看性能的提升与稳定性怎么样。

总结:
1、在生产环境中,不建议大家贸然使用第三点和第四点:
2、如果你不想要你的数据在shuffle时排序,那么就自己设置一下,用hash shuffle manager。
3、如果你的确是需要你的数据在shuffle时进行排序的,那么就默认不用动,默认就是sort shuffle manager;

或者是什么?如果你压根儿不care是否排序这个事儿,那么就默认让他就是sort的。调节一些其他的参数(consolidation机制)。(80%,都是用这种)

spark.shuffle.manager:hash、sort、tungsten-sort

new SparkConf().set("spark.shuffle.manager", "hash")
new SparkConf().set("spark.shuffle.manager", "tungsten-sort")

// 默认就是,new SparkConf().set("spark.shuffle.manager", "sort")
new SparkConf().set("spark.shuffle.sort.bypassMergeThreshold", "550")

原文地址:https://www.cnblogs.com/Transkai/p/11449166.html